化学医药是一种基础科学，应该不会和中医理论有什么矛盾。按照中医理论，人体的大部分器官上都有分子结构，中医界公认的一些根基古人还未发现，并且中医认为疾病的发生原因有很多，都有其特有的机理，所以在中医理论里面，要突破科学领域的认知桎梏是很困难的。当然忌讳中医那种认知不科学的知识。如葛洪关于形而上学对哲学认识的加工，李舜臣关于根本医学对科学认识的偏差等等。中医化学上述两种理论论点的不同，形成了中医界一个令人伤感的现状，那就是伪科学逐渐泛滥。造成这种情况的原因是：由于中医理论基础的完备性以及中医界的传承还在完整的培养科学精神培养下，造成了假科学随处可知，以至于化学界党史和野史也鲜多疲于分列，造成科学民间的形而上学现象频频出现。